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조선 1454년 (세종 14)에 편찬된 <세종실록> 지리지 강원도 울진현조에서도 '우산, 무릉 두 섬이 (울진)현 정동(正東) 바다 한가운데 있다'하여 동해 상에 무릉과 우산의 두 섬이 있다는 것을 더욱 분명히 하였다. 1530년 (중종 26)에 편찬된 <신증동국여지승람> 강원도 울진현조에 '우산도, 울릉도가 현의 정동 바다 한 가운데 있다'하여 <세종실록> 지리지의 기록을 잇고 있다. 독도는 조선시대에는 삼봉도(三峰島), 우산도(于山島), 가지도(可支島)라고 불렀으며, 기인 1899년(광무 3)에 당시 중등과정 신식교육기관에서 활용됐던 <대한지지> 제 1권에 삽입돼 있는 지도 대한전도에는 울릉도 옆에 '于山'이라는 표기 강원도 울진현에 속해 있던 독도를 1900년 고종황제의 칙령 41조에 의해 독도를 울릉군의 한 부속도서로서 공식적으로 강원도에 편입하였다.
행정지명으로서 '독도'라는 이름은 1906년 울릉군수 심흥택에 의해서 처음 사용되었으며, 1914년 행정구역 개편으로 경상북도에 편입되어 오늘에 이르고 있다. 현재 '獨島'로 표기되는 독도는 '외로운 섬','홀로섬'이 아니라 '돌섬'이 초기 이주민인 전라도 남해안 출신 사람들에 의해 '독섬'으로 발음되면서 '獨島'로 표기가 되었다. 석도를 훈독 하면 '독섬' 또는 '돌섬'이 되는데 지금도 울릉도 주민들은 독도를 '독섬' 혹은 '돌섬'으로 부르고 있다.
한편 일본에서는 명치시대 이전에는 독도를 마쓰시마(松島)라 부르다가, 1905년 영토편입 이후부터 다케시마(竹島)라 부르고 있다. 서양에서는 이섬을 발견한 선박의 명칭을 따라 이름을 붙였는데 1849년 프랑스의 포경선 리앙꾸르호는 독도를 발견하고 '리앙꾸르 암(Liancourt Rock)' 으로 명명하였고 1885년 영국함선 호네트호 또한 '호네트 암(Hornet Rock)'으로 이름을 지어 자기네들 해도에 등록하게 되었다.
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